U Hrvatskoj je nabrojano oko 130 vrsta slatkovodnih riba. Brojem prednjače panonske rijeke poput Drave, Save i Dunava, no s druge strane u krškom dijelu Hrvatske imamo manje vrsta, ali među njima petnaestak vrsta koje žive samo u našoj zemlji.
Rijeke su jedni od centara biološke raznolikosti. One su linije života, neprekinuti koridori u visoko fragmentiranom i izmijenjenom krajoliku, pogotovo u nizinskim područjima. Rijeke možemo podijeliti uzdužno, u gornji toko koji teče planinama i brdima; srednji tok, na prijelazu s brda u nizine i donji tok, u nizinama.
Dakako, u stvarnosti je svaki tok specifičan za sebe. Rijeke možemo podijeliti i po vrstama riba koje ondje dolaze, jer ribe su vrlo poznati organizmi, a mnoge su ograničene za posebne uvjete. Uzdužno se tok može podijeliti na mnogo načina.
Tradicionalno, tok jedne rijeke dijeli se prema vrstama riba. Zona pastrve čini najgornji dio brdskih potoka s kamenitim dnom i jakom strujom vode. Od riba tu žive još i peš i pijor. Česte su i alge kremenjašice i mahovine. Zona lipljena je prelazna zona prema srednjem toku, a uz lipljena tu još uvijek obilno nalazimo i pastrvu, peša i pijora te ribe srednjeg toka: mrenu, klena i podusta, krkuša. Zona mrene podudara se sa srednjim tokom rijeke šljunkovito-pjeskovite podloge, gdje je veće kolebanje temperature vode i ima manje otopljenog kisika. Uz mrenu dolaze još i klen, podust, jez, bolen, klenić, mladica… Donji tok rijeke s muljevito-pjeskovitim koritom obuhvaća zonu deverike. Uz deveriku, od riba tu nalazimo i bodorku, šarana, linjaka, smuđa, soma, štuku, … Ovdje raste mnogo vodene vegetacije, česta je i nestašica kisika, kolebanja ekoloških parametara su velika. Zona lista predstavlja samo ušće rijeke u more od kojega je voda zaslanjena. Primjer ribe koju nalazimo ovdje je jegulja.
Općenito, u Hrvatskoj je nabrojano oko 130 vrsta slatkovodnih riba. Brojem prednjače panonske rijeke poput Drave, Save i Dunava. No, to su tipične srednjeeuropske vrste, prije svega šaranske vrste. Općenito je Crnomorski sliv je sa 103 vrste ihtiološki najbogatiji sliv u Europi (od preko 315 vrsta), a zahvaća 62% površine kopnenih voda Hrvatske. U tom slivu u Hrvatskoj živi 81 vrsta ribe, a ukupno u slatkim vodama Hrvatske živi 150 vrsta riba, od kojih 21 vrsta boravi i u boćatim i slanim vodama. Novija istraživanja s naše strane govore da Dravu u Hrvatskoj nastanjuje 67 vrsta riba. Ne samo što je to najveći broj vrst riba za bilo koju rijeku u Hrvatskoj,
S druge strane u krškom dijelu Hrvatske imamo manje vrsta, ali među njima mnogo više endema. Samo među ribama imamo petnaestak vrsta koje žive samo u našoj zemlji. Najvažniji hrvatski endemi jesu vrste iz roda Phoxinellus, Delminichthys i Telestes. Posebno je interesantna oštrulja (Aulopyge huegelli) koja je jedina vrsta u ovom endemskom rodu. Interesantni su i mali slatkovodni glavoči iz roda Knipowitschia u kojem su tri vrste opisane u zadnjih 20-ak godina.Tu su i svjetlica, sval, oštrulja, mekousna pastrva, visovački glavočić i endemske vrste primorske potočne pastrve čiji su srodstveni odnosi još prilično nejasni i čekaju nova istraživanja. Svi su oni vezani za Dalmaciju, odnosno krške rijeke. Ti su ekosustavi mali i izolirani, a za ledenog su doba bili izvan domašaja ledenjaka te služili kao utočišta vrstama koje su bile izvan domašaja leda.
U našim krškim jadranskim rijekama nalazimo ukupno 88 vrsta riba (među kojima su i ribe crnomorskog slijeva te one iz bočatih staništa). Posebno su zanimljive ribe koje dio života provode u podzemlju kad u jednom dijelu godine presuše površinski tokovi u kršu. Kad se zbog kiša voda vrati na površinu, vraćaju se i ribe. To su podbila, oštrulja, pijori, gaovice i vijuni. Vrste koje naseljavaju takva staništa imaju posebne prilagodbe koje im omogućuju dulje preživljavanje u podzemlju, pa tako mogu izdržati dulje vrijeme gladovanja i podnose niske koncentracije kisika. Vrlo se malo zna o njihovoj biologiji za boravka u podzemlju.
Kako su rijeke povezani sustavi, sklone su invazijama stranih vrsta. Neki primjeri invazivnih vrsta koji se tako šire Hrvatskom Krške rijeke su ugrožene ne samo takvim vrstama, već i našim autohtonim vrstama s panonske Hrvatske. Najčešći razlog je poribljavanje ribolovnih vrsta te korištenje živih mamaca kojima se onda šire male i sportski nezanimljive vrste, ali i povezivanje rijeka za potrebe hidroelektrana itd.