Sa 35 vrsta šišmiši (Chiroptera) su najbrojnija skupina sisavaca u Hrvatskoj, a špilje su njihovo važno stanište. Ovi leteći noćni sisavci oduvijek su fascinirali ljude, ali o njima postoje i mnoge predrasude.
Stanovnici su većih špilja u Hrvatskoj dugonogi šišmiš i dugokrili pršnjak koji špilje napuštaju jedino za lova i tijekom migracija. Dugokrili pršnjaci često stvaraju velike kolonije od nekoliko desetaka tisuća šišmiša. Mnoge vrste u špiljama podižu mlade poput oštrouhog šišmiša, riđeg šišmiša, južnog potkovnjaka i velikog potkovnjaka.
Međutim, šišmiši nisu ograničeni samo na podzemlje već ih nalazimo u nizu staništa, a za dnevno spavanje, podizanje mladunaca poslužit će osim špilja i duplje te ljudske nastambe. Primjerice, skloništa su velikog šišmiša na jugu Hrvatske špilje, na sjeveru crkveni tornjevi i krovovi, a hrani se iznad šumskih čistina i travnjaka. Šišmiši se općenito hrane u šumama, iznad livada, travnjaka i pašnjaka, iznad vode, oko svjetiljki, što ovisi o sklonosti pojedine vrste. U Hrvatskoj je zabilježeno čak 35 vrsta ovih letećih sisavaca.
Da bi ovladali nebom, šišmiši su uvelike prilagodili i anatomiju i način života. Najvažniji je od svega razvoj krila, odnosno letne opne. Čine ju dva sloja kože, razapeta od zapešća do ramena i između nogu. Prsti su osim palca vrlo dugački i napinju letnu opnu, a tome služi i mali trn na peti stražnjih nogu. Šišmiši su jedini sisavci koji aktivno lete. Kao i drugi sisavci, prekriveni su gustim, svilenkastim dlakama, iako ne dugačkim.
Najčešće su smeđi do sivih boja, a trbuh im može biti i od žućkastosmeđeg do bjelkastog. Na tijelu se ističu i velike uši koje su važne u eholokaciji. Posebno su njima obdareni dugoušani. Šišmiši za leta ispuštaju ultrazvuk kojim “skeniraju” prostor oko sebe dok lete. Nekima u tome pomažu čudnovate izrasline na nosu, kao što je to u skupini potkovnjaka. Odjek od prepreka vraća se do ušiju, pa šišmiš stvara sliku prostora. Mi ne čujemo njegov ultrazvuk već ga možemo “čuti” uz pomoć posebnih naprava zvanih bat detektor.
Tek tada ulazimo u svijet klikova koje šišmiši emitiraju. Tako možemo i prepoznati pojedine vrste, jer svaka ima drukčiju frekvenciju i uzorak. Jedan je od glavnih ciljeva eholokacije kretanje u prostoru i lov. Sve su vrste u Hrvatskoj kukcojedi, iako dugonogi šišmiš može uhvatiti ribicu, a veliki večernjak katkad ulovi manju pticu. U jednom satu šišmiš može pojesti od 500 do 1000 kukaca, a za cijelu noć masu kukaca koja je trećina njegove mase.
Često mogu u jednoj noći prevaliti i pedesetak kilometara u lovu, pokrivajući tako golem prostor. Unatoč izreci “slijep kao šišmiš”, ove životinje dobro vide na svjetlu. Šišmiši su prije svega noćne životinje pa im vid nije važan za let i lov. Eholokacija je vrlo precizan sustav kretanja, pa je nemoguće da će se nekomu slučajno zapetljati u kosu. Njuh im je vrlo dobro razvijen.
Šišmiši dan provode u skloništu. Spavaju viseći glavom prema dolje. Zahvaljujući specifičnoj građi nogu jednostavno se objese, što im nije napor niti im troši energiju. Zanimljivo je da im se koljena savijaju unatrag, a ne unaprijed kao u većine sisavaca. Za zime ili drugih nepovoljnih uvjeta šišmiši hiberniraju. Tada im tjelesna temperatura dosta pada i samo je nekoliko stupnjeva viša od okolne temperature. Također, usporavaju im se životne funkcije.
Iako se čini da katkad sve vrvi od šišmiša i da se masovno razmnožavaju, ženka u jednoj godini na svijet donosi najčešće samo jednog mladunca. Razlog je njihove brojnosti malo prirodnih neprijatelja i dugovječnost. Šišmiši mogu živjeti i više od 30 godina, što je deset puta duže od miševa slične težine. Ipak, šišmiši su prilično ugroženi jer se upravo zbog male stope nataliteta populacije sporo oporavljaju. Najveći su problemi gubitak i degradacija staništa te prekomjerna upotreba pesticida, zbog čega ugiba velik broj jedinki.